Posts tagged 'bioinformatique'

Introduction à la métagénomique

Le microbiote et la métagénomique sont les deux mots tendances de ces dernières années dans les laboratoires de microbiologie. Derrière eux se cacherait les réponses à de nombreuses maladies comme le diabète, la maladie de Crohn et même l'autisme ou la schizophrénie.
Commençons donc par définir ces deux termes …

Répartition des variants sur le génome entre J.Watson et C.Venter

Nous avions vu dans un précédent post que le génome de James Watson comptait un peu plus de 2 millions de variants par rapport au génome de référence; et qu'environ la moitié de ces variants étaient partagés avec Craig Venter.
Aujourd'hui, j'ai cherché à savoir si les densités des mutations …

Transition et transversion dans le génome humain

Aujourd'hui, J'ai eu une soudaine envie de calculer les fréquences des différents types de substitutions dans le génome de James Watson.
A partir d'un fichier contenant des variations par rapport au génome de référence, je me suis amusé à compter le nombre et le type de substitutions nucléotidiques. Et le …

Le dépistage prénatal non-invasif de la trisomie 21

La trisomie 21 est un syndrome polymalformatif avec un retard mental, lié dans la majorité des cas à la présence d'un chromosome 21 surnuméraire. On a tous en mémoire l'image de l'acteur Pascal Duquenne atteint de ce syndrome et lauréat du prix d'interprétation au festival de Cannes pour le film …

Naviguer dans le Génome humain

Dans ce post, nous allons voir comment naviguer dans le génome humain. Celui ci a été entièrement séquencé grâce à un consortium international de chercheurs au sein du Human Genom Project entre 1990 et 2003. Ce génome fait environ 3 milliards de bases, soit un fichier texte d'environ 3 GigaOctets …